Javiera se ha dedicado profesionalmente a las artes desde su juventud, comenzando como estudiante de danza en Ciudad de México, donde residía junto a su padre en el exilio. En ese lugar comenzó su incursión musical en un dúo amateur junto a su hermano Ángel Parra, llamado Silueta. A su llegada a Chile, integró otros grupos de la escena underground, como Primeros Auxilios y Paraíso Perdido.
En 1991 ganó el Festival de Viña del Mar junto a Pedro Foncea, con la canción «Tira la Primera Piedra», original de Edgardo Riquelme, que nunca llegó a editarse y, por ende, tuvo escasa difusión. A fines de los años 1980 se integró a la compañía Gran Circo Teatro, dirigida por Andrés Pérez, donde participó como actriz, cantante y narradora en innumerables obras, entre ellas la popular La Negra Ester. En este contexto conoció a Álvaro Henríquez, quien se convirtió en su pareja sentimental, además de impulsarla a su exitoso debut discográfico con el álbum Corte en Trámite (1995), que compuso y produjo, bajo una denominación de banda (Javiera y Los Imposibles). La banda se ha consolidado y ha editado cinco discos de éxito en Chile. Javiera, además, ha desarrollado algunos proyectos solistas, como interpretar las canciones de las teleseries La Fiera y Tentación, además de participar como invitada en discos de Ángel Parra Trío, Los Jaivas, Glup! y De Saloon, prestando su voz para diversas canciones. En el tributo a Salvador Allende, El Sueño Existe, de 2003, interpretó «Compañero Presidente», una de las creaciones de su padre. En 2005 ofició de presentadora para el programa Canción Nacional de Canal 13, además de integrar el trío Malabia, junto a Cristian López, de Los Imposibles, y a la chelista Ángela Acuña, con la cual se ha dedicado a musicalizar obras de teatro y películas chilenas. En 2006 apareció en la banda sonora de Padre Nuestro. A fines del mismo año fue madre de su primer hijo. Apareció en La Yein Fonda junto con su padre y el grupo Los Tres, además de presentarse en La Cumbre del Rock Chileno a principios de 2007. Actualmente prepara con Los Imposibles un CD tributo a su abuela, Violeta Parra, a los noventa años de su nacimiento.